A cidade de Franco da Rocha tem sua primeira documentação histórica datada em 1627, época em que o rei de Portugal oferecia sesmarias (que eram doações de terras com a obrigação de cultivo dentro de três anos, sob a pena de revogação) aos interessados em cultivar a área. Na época, o benefício foi concedido ao senhor Amador Bueno da Ribeira, para que cuidasse dos Campos do Juquery.

Franco até o século XIX, era uma região que servia de caminho para os bandeirantes ou todos aqueles que se dirigiam ao Estado de Minas Gerais. Nessa época, tratava-se de um lugarejo, que era conhecido pelos tropeiros, como Parada do Feijão, onde a topa que transportavam gados e mercadorias faziam suas refeições.

Onde hoje se encontra o município, nada mais eram que grandes fazendas. No ano de 1807, surgem as primeiras escrituras, como do sítio Borda da Mata, que em 1866 foi vendido para a Estrada de Ferro São Paulo Railway, juntamente a fazenda Belém e Cachoeira, onde anos depois a cidade começaria a mudar de ares, com a inauguração da estação de trens.

A estação do Juquery foi fundada em 1º de fevereiro de 1888. E nesse mesmo ano, chegou na cidade o italiano Filoteo Beneducci que tinha a intenção de descobrir ouro em grande escala no lugar, conhecido na época como Pedreira, atualmente a Quarta Colônia. Como no local não existia a quantidade esperada pelo imigrante que resolveu se dedicar à extração de pedras enviadas para a cidade de São Paulo pela Estrada de Ferro recém-inaugurada. Essa extração é tida como a primeira atividade industrial de Franco da Rocha.

O desenvolvimento da cidade prosseguiu com um fato marcante, que mudaria para sempre a vida no município com a instalação do Hospital Psiquiátrico no Juquery. Sua construção, em uma área de 150 hectares começa em 1985, com o projeto do arquiteto Ramos de Azevedo, denominada Colônia Agrícola do Juquery, para suprir a demanda de pacientes mentais, já que os locais que atendiam os doentes mentais de todo Estado de São Paulo Hospital de Alienados, na capital e em Sorocaba e a Chácara Ladeira do Tabatinguera não tinham mais condições de receber pacientes e o número aumentava a cada dia. Inaugurado com capacidade inicial de 800 leitos, o Hospital ocupava um terreno à margem da linha férrea, próximo à estação Juquery. Com o ar dos anos as terras da Quarta Colônia, as fazendas Cresciúma e Velha foram incorporadas ao patrimônio do Hospital. Na Quarta Colônia, aliás, foi instalada a usina elétrica do hospital, que durante anos forneceu energia também para a estação Juquery e todo o povoado.

Com o falecimento do sr. Frederico Alvarenga, em 1896, o Doutor Francisco Franco da Rocha, a serviço do Governo do Estado, foi designado para istrar o maior Hospital Psiquiátrico da Brasil e da América Latina.

A religiosidade também esteve sempre presente na cidade. No ano de 1908, foi iniciada a construção da Igreja Matriz, em louvor a Nossa Senhora da Conceição, que se tornou a Padroeira do Município.

Formação istrativa 51758

Distrito criado com a denominação de Franco da Rocha, pelo Decreto n.º 6.693, de 21-09-1934, subordinado ao município de Juqueri.

Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o distrito de Franco da Rocha figura no município Juqueri.

Pelo Decreto Estadual n.º 9.775, de 30-11-1938, o distrito de Franco da Rocha perdeu parte do território para o novo distrito de Caieiras, do mesmo município.

No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o distrito de Franco da Rocha figura no município de Juqueri.

Elevado à categoria de município com a denominação de Franco da Rocha, pelo Decreto-lei n.º 14.334, de 30-11-1944, desmembrado do município de Juqueri. Sede no antigo distrito de Franco da Rocha. Constituídos de 2 distritos: Franco da Rocha e Caieiras. Instalado em 01-01-1945.

Pela Lei Estadual n.º 233, de 24-12-1948, é criado o distrito de Francisco Morato e anexado ao município de Franco da Rocha.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 3 distritos: Franco da Rocha, Caieiras e Francisco Morato.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1955.

Pela Lei Estadual n.º 5.285, de 18-02-1959, é desmembrado do município de Franco da Rocha o distrito de Caieiras. Elevado à categoria de município.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 2 distritos: Franco da Rocha e Francisco Morato.

Pela Lei Estadual n.º 8.092 de 28-02-1964, é desmembrado do município de Franco da Rocha o distrito Francisco Morato. Elevado à categoria de município.

Em divisão territorial datada de 31-XII-1968, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.