A povoação que deu origem à sede municipal localizava-se no antigo município de Forte, hoje simples povoado, com a denominação de "Olhos D′água", em virtude de diversas nascentes existentes na região.

Em 1910, segundo o Anuário Estatístico e Geográfico do Estado de Goiás, o povoado possuía apenas duas casas e uma capela dedicada a São João e denominava-se Capetinga, nome originário do ribeirão que banha a região. Mais tarde, tornou-se conhecido por São João de Capetinga, em louvor ao padroeiro e à denominação antiga do local.

Em 22 de abril de 1931, o povoado foi elevado à categoria de Vila, com o novo topônimo de São João d′Aliança, em homenagem à Aliança Liberal que triunfou em 1930, tornando-se sede do município de Forte, que retornou à condição de povoado, pela Lei Estadual nº 793, de 6 de março de 1931, que determinara a transferência da sede municipal.

Formação istrativa 51758

Distrito criado com a denominação de Capetinga (ex-povoado) pela Lei Municipal n.º 7 de outubro de 1904, subordinado ao município de Forte.

Em divisão istrativa referente ao ano de 1911, o distrito figura no município de Forte.

Pela Lei Estadual n.º 793, de 06-03-1931, o distrito de Capetinga ou a denominar-se São João dAliança.

Pelo Decreto acima citado é transferida a sede do município de Forte para a povoação de São João da Capetinga, com a denominação de São João dAliança ando o município a ter esta denominação.

Em divisão istrativa referente ao ano de 1933, o município já denominado São João dAliança é constituído de 2 distritos: São João dAliança e Forte.

Pelo Decreto-lei Estadual n.º 1.233, de 31-10-1938, o município de São João dAliança foi extinto, sendo que seu território anexado ao município de Formosa.

No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, São João dAliança figura como distrito do município de Formosa.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1950.

Elevado novamente à categoria de município com a denominação de São João dAliança, pela Lei Estadual n.º 782, de 01-10-1953, desmembrado de Formosa. Sede no antigo distrito de São João dAliança. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1954.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.

Pela Lei Municipal n.º 9.154, de 14-05-1982, é criado o distrito de Forte e anexado ao município de São João d Aliança.

Em divisão territorial datada de 18-VIII-1988, o município é constituído de 2 distritos: São João dAliança e Forte.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2017.